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吉林医药学院1952年建校，前身为中国人民解放军第四军医大学吉林军医学院。2004年8月，学校由军队整体移交吉林省，成为省属公办高等学校，现为吉林省惟一独立设置的西医本科院校。2013年通过教育部本科教学工作合格评估，2017年通过教育部临床医学专业认证，有效期6年。学校现为吉林省硕士学位授权单位立项建设A类高校。
学校现有19个党政机关、3个群团组织、14个教学单位、5个教辅单位、1个省级科技协同创新中心；2所附属医院（第一临床医学院附属四六五医院、第二临床医学院附属梅河口市中心医院）和3所非直属附属医院（附属吉林省吉林中西医结合医院、附属吉林市人民医院、附属吉林油田总医院），均为三级甲等医院；各类实习实训基地163家。现有全日制在校生9923人，其中临床医学专业留学生352人。近三年，毕业生初次就业率保持在85%以上。
现开设20个本科专业，6个专科专业，分布于医、理、工、管4个学科门类。现有国家级特色专业1个、省高水平特色专业A类2个、省级特色专业4个、省级品牌专业建设点2个、省级人才培养模式创新实验区3个、省级黄大年式教师团队1个、省级优秀教学团队9个、首批国家虚拟仿真实验教学项目1个、教育部产学合作协同育人项目1项、省级实验教学示范中心4个（建设单位2个）、国家精品资源共享课1门、国家级精品课程1门、国家精品在线开放课程1门、省级精品课程16门、省级精品在线开放课程6门（A类4门、B类2门）、省级“学科育人示范课程”2项；获吉林省教学成果奖一等奖2项。
学校是全国科普教育基地、教育部国防教育特色学校、首批中医类别实践技能考试11个国家基地之一、国家执业医师考试吉林省基地、省农村订单定向免费医学生培养单位、省村级医疗卫生技术人才培训基地、吉林市卫生技术人才培训基地。临床技能中心是国家执业医师考试吉林地区考点、社区医生培训基地。学校是中国微量元素科学研究会理事长单位，省解剖学会、省微量元素科学研究会理事长单位、省心理学会副理事长单位，省科学社会主义学会会长单位。
学校附属四六五医院占地面积4.43万平方米，资产总额3亿元，医院编制床位数500张，大中型医疗设备800余台（件），现为首批国家临床教学培训示范中心、国家住院医师规范化培训基地、吉林市区域医疗中心和多地定点医疗单位。附属梅河口市中心医院占地面积6.00万平方米，编制床位数1000张，现有省级重点实验室2个，获评全国百姓放心百佳示范医院、“全国县级医院百强、中部省份十强”、全国文明单位、吉林省劳动模范集体、省级文明单位、全省卫生系统行风建设先进单位、省级诚信单位等众多殊荣。
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